Ośrodek Archeologii Historycznej powołany został w 2023 r., w ramach reorganizacji Ośrodka Interdyscyplinarnych Badań Archeologicznych, a w swoich założeniach i praktyce badawczej nawiązuje do Zakładu Archeologii Średniowiecza IAE PAN. Ośrodek skupia badaczy zainteresowanych szeroko pojmowanymi zagadnieniami przemian kulturowych i społecznych dokonujących się w Europie środkowo-wschodniej od początków średniowiecza po schyłek czasów nowożytnych. Szczególną pozycję w badaniach zajmują obszary dorzeczy środkowej Wisły, Bugu i Narwi. Wschodnia część tego terytorium co najmniej od X w. stanowi jedną z najbardziej istotnych stref pogranicznych kontynentu - miejsce styku Słowiańszczyzny wschodniej i zachodniej, piastowskiej Polski i Rusi Kijowskiej, a przede wszystkim dwóch kręgów cywilizacyjnych - łacińskiego Zachodu i bizantyńsko-ruskiego wschodu Europy. Obszary te, przez dekady uchodzące za "odwiecznie" zacofane i nieinteresujące badawczo, są ostatnio miejscem wielu spektakularnych odkryć, ukazujących bogactwo kultury materialnej strefy pogranicza i złożoność relacji międzyetnicznych i społecznych, kształtujących jego kulturowy krajobraz.
 
Zakres działalności badawczej pracowników Ośrodka koncentruje się wokół czterech zagadnień ogólnych. Pierwsze z nich to studia osadnicze, rozwijające wypracowaną jeszcze w IHKM PAN metodologię, łączącą badania terenowe, studia nad źródłami pisanymi i analizy znalezisk. Istotną częścią strategii badawczej jest współpraca z lokalnymi samorządami i aktywistami oraz promocja archeologicznego dziedzictwa regionów. Wymienić tu należy, między innymi, badania wczesnośredniowiecznego mikroregionu osadniczego Kotliny Chodelskiej, wraz z grodem w Chodliku, studia nad przyrodniczymi i antropogenicznymi uwarunkowaniami kształtowania się sieci osadniczej środkowego Pobuża, interdyscyplinarne badania w Puszczy Białowieskiej. Ważnym polem badawczym, stanowiącym po części kontynuację programu „millenijnego” są studia nad ośrodkami grodowymi wczesnopiastowskiej Polski i Rusi – zarówno stołecznymi (Chełm, Kalisz), jak i średniego szczebla (Nasielsk, Płock, Radom, Zawichost). Pracownicy Ośrodka kierują i uczestniczą w prowadzonych w ostatnich latach badaniach ratowniczych miast Mazowsza i Podlasia – zarówno ośrodków centralnych (Warszawa), jak i lokalnych (Mielnik).
 
Kolejny zespół zagadnień dotyczy badań numizmatycznych. Koncentrują się one nad funkcją pieniądza we wczesnym średniowieczu, formowaniem się rynku pieniężnego we wczesnośredniowiecznej Polsce, pochodzenie srebra wykorzystywanego we wczesnośredniowiecznym mennictwie polskim, a także znaczeniu monet jako źródła historycznego.
 
Wiodącym tematem studiów nad znaleziskami są badania ceramiki naczyniowej. Obejmują znaleziska ceramiki z ośrodków grodowych wczesnośredniowiecznej Polski (Płock, Radom, Kalisz) i Rusi (Czermno/Czerwień, Gródek nad Bugiem, Chełm), a także z późnośredniowiecznych i nowożytnych miast, wsi i dworów Mazowsza i Podlasia. W Ośrodku realizowane są także badania dotyczące proweniencji i stylistyki wczesnośredniowiecznych ozdób metalowych, a ostatnio program, którego celem jest próba określenia za pomocą badań fizykochemicznych pochodzenia surowca bursztynowego, wykorzystywanego do wykonywania ozdób.
Odrębnym i niezmiernie istotnym kierunkiem prac jest wprowadzanie do obiegu naukowego niepublikowanych dotąd wyników badań archeologicznych głównych stanowisk wczesnośredniowiecznych na ziemiach Polski. Największe znaczenie ma tu seria "Origines Polonorum", licząca już 16 tomów, publikowanych nieprzerwanie od 2006 r., a w 2021 r. wyróżniona nagrodą KLIO.